Un estudi publicat a la prestigiosa revista Nature Communications –liderat pel Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), des de la seva seu al Parc Cientific de Barcelona (PCB), i el German Cancer Research Center (DKFZ)– revela un alt nivell d’heterogeneïtat en els procediments de seqüenciació del genoma del càncer entre les diferents institucions mundials. Els resultats d'aquest treball –dut a terme en el marc del Consorci Internacional del Genoma del Càncer (ICGC)– assenten els fonaments per a una nova era en la genòmica del càncer, creant directrius i aportant noves eines per aconseguir dades d’alta qualitat per a millorar el diagnosi i la medicina de precisió.

L’estudi (doi:10.1038/ncomms10001) és el resultat d’un esforç per establir estàndards fiables per a obtenir resultats precisos en la detecció de mutacions somàtiques, que són un segell distintiu dels genomes del càncer. Les mutacions somàtiques són alteracions genètiques espontànies adquirides per una cèl·lula i que poden ser transmeses a la progènie de la cèl·lula mutada en el curs de la divisió cel·lular i del creixement tumoral. Les mutacions somàtiques difereixen de les variants de la línia germinal, les quals s’hereten de pares a fills.

El treball, en què vam participar 83 investigadors de 78 institucions de recerca en el marc de l’ICGC, va identificar diferències metodològiques substancials en la seqüenciació del genoma del càncer entre els diversos centres implicats. Aquest fet va conduir a l’existència de discrepàncies importants en el nombre i la tipologia de mutacions genètiques detectades en l’anàlisi d’un mateix genoma del càncer.

De les més de 1.000 mutacions somàtiques d’una sola base confirmades en el genoma del càncer analitzat, només el 40% eren identificades de manera unànime per tots els equips participants. El cas de les petites insercions o delecions en la seqüència d’ADN va ser encara més exigent– només una única mutació d’entre 337 va ser identificada per tots els centres (0,3%). En conseqüència, el Consorci ha establert un conjunt de mutacions de referència per tal d’avaluar els procediments analítics. Aquesta base de dades de referència gold-set ha ajudat a la comunitat ICGC a millorar els mètodes per a la identificació de mutacions somàtiques, reduint els falsos negatius i els falsos positius.

La seqüenciació del genoma sencer en càncer s’utilitza cada dia més com a eina clínica, i per això és imprescindible entendre les variables que afecten la qualitat dels resultats en l’anàlisi de la seqüenciació. Així doncs, en el manuscrit es proporcionen els punts clau a tenir en compte i les eines necessàries per a la millora del procés. “Les troballes del nostre estudi tenen implicacions de llarg abast per a l’anàlisi del genoma del càncer. Hem trobat moltes inconsistències tant en el procés de seqüenciació com en l’anàlisi de dades, i, com a descobriments rellevants que són, considerem que aquestes dades han d’estar disponibles per  a la comunitat científica i per a tots aquells professionals vinculats amb la diagnosi del càncer, per tal que puguin perfeccionar els seus sistemes i generar resultats més estandarditzats i consistents”, declara Ivo Gut, autor sènior de la publicació i director del CNAG-CRG.

Per la seva banda, David Jones, un científic sènior del DKFZ que va coliderar l’estudi, explica que “a mesura que els últims avenços tecnològics en l’anàlisi del genoma del càncer estan més àmpliament disponibles per donar suport a la medicina personalitzada del càncer, és de vital importància que els controls rigorosos de qualitat siguin aplicats per tal d’assegurar la precisió i la consistència dels resultats. Esperem que el nostre estudi ofereixi un marc de referència per aquest procés, proporcionant als investigadors la millor anàlisi possible de les mostres dels pacients”.