Investigadors de la Universitat de Barcelona (UB), de l'Institut de Biomedicina de la UB (IBUB) –ubicat al PCB– i del Centre de Regulació Genòmica (CRG) participen en un consorci internacional d'experts que ha publicat una valoració sistemàtica i a gran escala del programari que s'utilitza per analitzar l'expressió dels gens a partir de dades de la metodologia de seqüenciació de l'RNA. Els resultats, publicats a la revista Nature Methods (doi:10.1038/nmeth.2714), podrien inspirar noves aproximacions computacionals per gestionar les tecnologies actuals i futures que permeten caracteritzar l'estructura dels gens i estudiar-ne l'expressió.

”

A l’estudi hi han col·laborat els experts Josep F. Abril, del Departament de Genètica de la UB i membre deil IBUB, i Roderic Guigó, del CRG, que van ser també els únics participants de l’Estat en el projecte Genoma Humà, una de les grans fites científiques en l’àmbit de la genètica humana.

Els científics utilitzen la metodologia de seqüenciació de l’RNA per veure com s’expressen els gens al llarg de tot el genoma. Però, com poden analitzar aquesta informació? És prou bo i precís el programari que fan servir per aconseguir-ho? En l’estudi, el consorci RNA-seq Genome Annotation Assessment (RGASP), una iniciativa associada al projecte ENCODE (Enciclopèdia dels Elements del DNA), ha avaluat el rendiment d’un ampli ventall de programes informàtics capaços de processar dades de la seqüenciació de l’RNA. Els experts van ser capaços d’especificar quins mètodes funcionen bé per a algunes funcions i quines àrees caldria millorar.

Tal com explica l’investigador del IBUB Josep F. Abril «l’article és el resultat d’un projecte per avaluar la fiabilitat dels programes més moderns de predicció de gens, en el context de les evidències provinents de dades de la seqüenciació de l’RNA (ultraseqüenciació de transcriptomes), i de com aquestes dades poden millorar l’anotació dels gens i els models computacionals que els defineixen».

Enllaç a la notícia [+]