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Imagen: CNAG-CRG.
 04.06.2020

Científicos del CNAG-CRG desarrollan una nueva herramienta para filmar la dinámica del genoma

Científicos del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) –con sede en el Parc Científic de Barcelona e integrado en el Centro de Regulación Genómica (CRG)– han desarrollado TADdyn, una herramienta que puede generar películas de cómo cambian los genomas con el tiempo. El hallazgo, que se publica en Nature Communications, ayudará a investigadores de todo el mundo a aprender mucho más sobre la relación directa entre estructura y función en el genoma.

 

La manera en que los cromosomas ocupan un espacio tridimensional es crucial para regular la función del genoma y los procesos esenciales para la vida, como la replicación del ADN, la transcripción y la reparación del daño del ADN.

En los últimos años, los avances tecnológicos han revelado mucho sobre cómo se organizan los genomas, mejorando nuestra comprensión de cómo se expresan los genes y proporcionando nuevas ideas para el desarrollo celular y la enfermedad.

Sin embargo, gran parte de este conocimiento se basa en imágenes estáticas de genomas, lo cual proporciona una visión limitada de un entorno altamente dinámico.

Ahora, científicos del CNAG y el CRG han desarrollado TADdyn, una herramienta que puede generar películas de cómo cambian los genomas con el tiempo. El hallazgo ha sido publicado en Nature Communications.

“Ahora podemos crear simulaciones que reflejen los eventos dinámicos reales que ocurren dentro del núcleo lo más cerca posible. No hay otras técnicas experimentales disponibles hoy en día que puedan hacer este tipo de observaciones con esta resolución ”, explica Marc A. Marti-Renombre, investigador del Centro Nacional de Análisis Genómico y del Centro de Regulación Genómica. “TADdyn ayudará a investigadores de todo el mundo a aprender mucho más sobre la relación directa entre estructura y función en el genoma”.

Los investigadores probaron la función de TADdyn en los glóbulos blancos, estudiando los cambios en 21 áreas diferentes en el genoma del ratón. Las películas mostraron que la activación de genes se correlaciona con la aparición de estructuras “en forma de jaula” enriquecidas con cromatina activa, que los investigadores dicen centros de potenciadores 3D.

Los autores concluyen que estos centros potenciadores 3D de cromatina abierta y activa pueden constituir una característica general para desencadenar y mantener la transcripción génica.

► Artículo de referencia: Di Stefano M, Stadhouders R, Farabella I, et al. “Transcriptional activation during cell reprogramming correlates with the formation of 3D open chromatin hubs“. Nat Commun. 2020;11(1):2564. Published 2020 May 22. doi:10.1038/s41467-020-16396-1

► Más información: web del CNAG [+]