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Imagen: IRB Barcelona.
 04.06.2020

Investigadores del IRB Barcelona desarrollan una herramienta de libre acceso para acelerar el descubrimiento de fármacos

Investigadores del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) en el PCB, liderados por el investigador ICREA Patrick Aloy, han desarrollado el Chemical Checker, una herramienta online de libre acceso que proporciona información procesada y armonizada de la bioactividad de un 1 millón de moléculas pequeñas en una amplia gamma de entornos biológicos.

 

Conocer cómo interactúa una molécula con el organismo es crucial a la hora de considerar su potencial terapéutico. Dirigido por el investigador ICREA Patrick Aloy, el laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes (SBNB) del IRB Barcelona ha presentado el Chemical Checker, una herramienta online de libre acceso que proporciona información sobre los efectos de más de 1 millón de compuestos en una amplia gama de entornos biológicos.

El Chemical Checker, publicado en Nature Biotechnology, proporciona un amplio abanico de datos de moléculas pequeñas, que van más allá de la información química, ofreciendo nuevas perspectivas para explorar su potencial terapéutico.

El laboratorio de SBNB ya ha demostrado el potencial de la herramienta al lograr revertir alteraciones genéticas propias del Alzheimer in vitro, utilizando medicamentos ya aprobados y compuestos experimentales. Este grupo de científicos también ha identificado varios compuestos que podrían reemplazar a los tratamientos con “biológicos», como las terapias con anticuerpos, que muestran una alta especificidad y eficiencia, pero son costosos y propensos a problemas farmacocinéticos.

«Visualizamos muchas aplicaciones para el Chemical Checker en el proceso de descubrimiento de fármacos», explica Aloy, «como, por ejemplo, consultas para priorizar el reposicionamiento de fármacos y las oportunidades de la combinación, basadas en los rasgos de bioactividad deseados».

El Chemical Checker ya ha dado lugar a una colaboración con Amazon para generar una base de datos de libre acceso para poner al alcance de investigadores de todo el mundo una cartera ampliada de moléculas con el potencial de combatir la COVID-19. La experiencia de Amazon en text mining, machine learning y comprensión del lenguaje natural ha permitido incorporar el análisis automático de artículos científicos al Chemical Checker. La plataforma COVID-19 está disponible en: https://sbnb.irbbarcelona.org/covid19/.

► Artículo de referencia: Miquel Duran-Frigola, Eduardo Pauls, Oriol Guitart-Pla, Martino Bertoni, Víctor Alcalde, David Amat, Teresa Juan-Blanco & Patrick Aloy. «Extending the small-molecule similarity principle to all levels of biology with the Chemical Checker«. Nature Biotechnology (2020) DOI:10.1038/s41587-020-0502-7

► Más información: web del IRB Barcelona [+]