Skip to main content
< Tornar a notícies
Vista superior del domini de la proteïna Spike del SARS-CoV-2, disponible a la nova base de dades BioExcel-CV19. Imatge / IRB Barcelona.
 09.01.2024

BioExcel-CV19: un gran avenç en la comprensió de les proteïnes del SARS-CoV-2

Investigadors de l’IRB Barcelona, amb seu al Parc Científic de Barcelona, publiquen a la revista Nucleic Acids Research una base de dades revolucionària per fer simulacions de dinàmica molecular: BioExcel-CV19. Els seus esforços futurs se centraran a garantir que aquest repositori evolucioni amb un panorama en constant canvi com el de la recerca del SARS-CoV-2, i s’actualitzi també amb noves simulacions i anàlisis suggerides per la comunitat científica, fomentant contínues col·laboracions i descobriments.

La plataforma BioExcel-CV19, creada per un equip d’investigadors dirigit pel Dr. Modesto Orozco a l’IRB Barcelona, és un repositori de simulacions de dinàmica molecular (MD), dissenyat per satisfer la necessitat urgent de comprendre les complexitats moleculars de la infecció per SARS-CoV-2.  Aquesta base de dades inclou informació fonamental sobre la flexibilitat essencial per comprendre les funcions de les proteïnes clau del virus, com la proteïna Spike, el domini d’unió al receptor (RBD) i l’ARN polimerasa dependent d’ARN (RdRp), que proporciona més de 10.000 trajectòries.

“Aquesta base de dades representa un canvi a les bases de dades de dinàmica molecular, construïda per gestionar sistemes grans i trajectòries llargues al mateix temps que s’integra perfectament amb simulacions de MD modernes”, explica Orozco, cap del laboratori de Bioinformàtica i Modelització Molecular de l’IRB Barcelona i professor de la Universitat de Barcelona. “Aglutina les trajectòries que aporten els diversos grups de recerca, cosa que mostra un enfocament col·laboratiu que fomenta els descobriments científics”, afegeix.

L’article, publicat a Nucleic Acids Research, no només destaca les característiques de BioExcel-CV19, sinó que, a més, subratlla la importància de l’emmagatzematge de simulacions de MD. Les simulacions emmagatzemades garanteixen la reproductibilitat dels resultats i faciliten l’anàlisi a tota la comunitat científica.

“Les plataformes com BioExcel-CV19 haurien d’esdevenir un estàndard similar al que és el Protein Data Bank (PDB) en la biologia estructural”, afirma el Dr. Adam Hospital, investigador associat de l’IRB Barcelona, que ha liderat aquest treball juntament amb el Dr. Orozco.

L’impacte de BioExcel-CV19 s’estén a diversos àmbits científics, com ara la virologia, la genòmica, la biologia estructural i molecular, el disseny de fàrmacs, la simulació biomolecular i l’aprenentatge automàtic/ profund. Les dades obertes proporcionades es converteixen en un recurs valuós per a la formació de models, influint en camps que utilitzen dades per a diverses finalitats.

En el camp de la simulació biomolecular, BioExcel-CV19 aporta una gran quantitat de dades per refinar algorismes i camps de força de MD. El potencial de reanàlisi i reutilització de dades aplana el camí cap a nous descobriments i metaanàlisi, fet que converteix BioExcel-CV19 en un valuós actiu per a la comunitat científica.

» Article de referència: Daniel Beltrán, Adam Hospital, Josep Lluís Gelpí, Modesto Orozco, A new paradigm for molecular dynamics databases: the COVID-19 database, the legacy of a titanic community effort, Nucleic Acids Research, Volume 52, Issue D1, 5 January 2024, Pages D393–D403,  DOI: 10.1093/nar/gkad991

» Enllaç a la notícia: web de l’IRB Barcelona [+]