Un grup d’investigadors i investigadores del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG), amb seu al Parc Científic de Barcelona, i de l’Institut Mediterrani d’Estudis Avançats, IMEDEA (CSIC-UIB),  han aconseguit desxifrar les peces que conformen el codi genètic del raor. Un projecte de gran impacte per a la biodiversitat del territori i per a la conservació d’aquesta espècie marina, que ha comptat amb el finançament de la Iniciativa Catalana per a l’Earth Biogenome Project, a través de l’Institut d’Estudis Catalans. La recerca, que ha permès obtenir el primer genoma a nivell cromosòmic d’aquesta espècie, suposa un enorme pas endavant per a entendre el paper de la biologia molecular en la conservació dels recursos pesquers.

El Xyrichtys novacula, llorito o raor, com es coneix més popularment, és un peix que s’ha convertit en tota una icona mediàtica, per la tradició pesquera a les Illes Balears i el seu alt valor culinari. Tot i que és una espècie molt valorada i coneguda, és poc habitual que es parli de les característiques que fan d’ella una espècie científicament rellevant i com podrien afectar el futur de l’espècie.

Menys conegudes són les seves particularitats comportamentals i genètiques. Com els humans, els raors incorporen al seu comportament cronotips, és a dir, preferències individuals pels horaris en els quals realitzen les seves activitats diàries, fet que fa que hi hagi raors actius a una hora més primerenca que uns altres.

S’ha observat que tenen uns certs comportaments socials, on els mascles més agressius defensen enèrgicament parcel·les de fons arenós, que inclouen els territoris més petits de les femelles del seu harem. Aquestes peculiaritats comportamentals estan codificades genèticament tant a humans com a la resta d’animals.

A una especie explotada per la pesca com el raor, el fet que determinats comportaments tinguin una base genètica, pot resultar en l’eliminació d’unes certes variants genètiques en les poblacions naturals que poden comprometre el seu futur.

Les poblacions amb poca diversitat genètica tenen menys resiliència i és a aquest punt on entren en joc els estudis genètics per a garantir el futur del raor. Josep Alós, un dels científics de l’IMEDEA que lidera aquesta recerca, explica: “Conèixer millor quines característiques comportamentals i genètiques afecten la vulnerabilitat a la pesca, pot ser molt útil per a dissenyar mesures en l’àmbit de la conservació i assegurar el futur d’aquesta espècie. Desgraciadament el codi genètic del raor no estava disponible per a avaluar-les”.

Raor. ©Autor Eneko Aspillaga (IMEDEA).

Configurant el puzle genètic del raor

El codi genètic complet d’una espècie, o genoma, és el llibre d’instruccions que conté tota la informació que, juntament amb les experiències vitals i l’entorn, determinen com és i com es comporta qualsevol ésser viu, incloent nosaltres mateixos.

Conèixer totes les peces que configuren aquest puzle genètic és molt complex. Per exemple, han fet falta gairebé 20 anys per a conèixer el genoma humà complet. Gràcies als avenos actuals en tècniques genòmiques, han aparegut iniciatives com l’Earth Biogenome Project (EBP), que té com a objectiu obtenir la informació genètica d’uns dos milions d’espècies de plantes, animals, fongs i microorganismes. A partir d’aquest projecte a nivell mundial, va néixer la Iniciativa Catalana per a l’Earth Biogenome Project (CBP), impulsada des de la Societat Catalana de Biologia i la Institució Catalana d’Història Natural amb el suport de l’Institut d’Estudis Catalans, i que contribueix al catàleg mundial obtenint informació genètica d’espècies endèmiques o d’interès local.

Gràcies al finançament proporcionat pel CBP, l’IMEDEA i el Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG) han treballat conjuntament per a aconseguir desxifrar el codi genètic del raor. A través d’aquest estudi, liderat per l’Equip d’Assemblatge i Anotació del Genoma del CNAG i del laboratorio de Ecologia de Peixos de l’IMEDEA, s’ha aconseguit obtenir tota la informació genètica contiguda en els 24 cromosomes que té el raor.

D’acord amb el responsable de l’equip del CNAG, Tyler Alioto: “Utilitzant una combinació de tecnologies genòmiques de darrera generació, com són les lectures llargues amb Oxford Nanopore Technologies, les lectures curtes d’Illumina, Hi-C i seqüenciació d’ARN, hem aconseguit un assemblatge de genoma anotat a escala cromosòmica per a aquesta espècie. Estudis com l’actual ens ajuden al CNAG a millorar els nostres processos de genòmica per a continuar ampliant el catàleg disponible de genomes de referència d’alta qualitat com a recurs per d’altres estudis genètics i aplicacions al camp de la biodiversitat”.

» Article de referència: Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Marta Gut, Tyler S Alioto, Joan Pons, Josep Alós, Margarida Barcelo-Serra, Chromosome-level assembly and annotation of the Xyrichtys novacula (Linnaeus, 1758) genome, DNA Research, 2023;, dsad021, DOI: https://doi.org/10.1093/dnares/dsad021

» Més informació: web del CNAG [+]