Investigadors de l’Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRB Barcelona), ubicat al Parc Científic de Barcelona, revelen que els enfocaments computacionals més utilitzats podrien passar per alt informació clau a l’hora d’estudiar com interactuen les cèl·lules dins dels teixits. En combinar dades de transcriptòmica espacial i de cèl·lules individuals en càncer, cervell i cor, l’estudi mostra que moltes interaccions cel·lulars predites no es corresponen amb la seva proximitat real en el teixit. El treball, publicat a la revista Genome Biology, subratlla la necessitat de desenvolupar eines més avançades per entendre com es coordinen les cèl·lules en salut i malaltia.

L’estudi, liderat pels investigadors Elena Pareja i el Dr. Patrick Aloy, del grup Structural Bioinformatics and Network Biology de l’IRB Barcelona, qüestiona la fiabilitat de les estratègies actuals per predir la comunicació entre cèl·lules. Els investigadors van integrar dades de seqüenciació d’ARN a nivell de cèl·lula individual amb transcriptòmica espacial procedents de teixit mamari amb càncer, escorça cerebral i cor, per analitzar de manera sistemàtica com l’entorn de cada cèl·lula influeix en la seva activitat genètica i en les seves interaccions amb les cèl·lules veïnes.

Les seves anàlisis van revelar que, tot i trobar-se en contextos diferents del teixit, les cèl·lules del mateix tipus no mostraven grans diferències en l’expressió gènica global. A més, les eines computacionals més populars, que prediuen la comunicació cel·lular identificant gens de lligands i receptors, sovint indicaven interaccions entre tipus cel·lulars que ni tan sols es trobaven pròxims entre si dins del teixit.

“Aquests resultats són un toc d’alerta per al camp, perquè mostren que, si volem entendre realment com les cèl·lules coordinen les seves funcions, necessitem models que integrin la informació espacial de manera molt més rigorosa”, afirma el Dr. Patrick Aloy, investigador ICREA i cap de grup a l’IRB Barcelona.

L’estudi suggereix que, tot i que els mètodes actuals són útils per proposar possibles interaccions moleculars, no són suficients per reflectir com el microambient local condiciona el diàleg real entre les cèl·lules. Els autors destaquen la importància de desenvolupar nous enfocaments computacionals que permetin identificar interaccions dependents del context amb més precisió, quelcom essencial per desentranyar processos complexos com el desenvolupament tissular, la regeneració o la progressió de malalties.

» Article de referència: Systematic assessment of microenvironment‑dependent transcriptional patterns and intercellular communication. Elena Pareja‑Lorente and Patrick Aloy. Genome Biology (2025) doi: 10.1186/s13059-025-03677-5

» Enllaç a la notícia: web de l’IRB Barcelona [+]