Investigadores del IRB Barcelona, con sede en el Parque Científico de Barcelona, publican en la revista Nucleic Acids Research una base de datos revolucionaria para la realización de simulaciones de dinámica molecular: BioExcel-CV19. Sus esfuerzos futuros se centrarán en garantizar que este repositorio evolucione con un panorama en constante cambio como el de la investigación del SARS-CoV-2, y se actualice también con nuevas simulaciones y análisis sugeridos por la comunidad científica, fomentando así continuas colaboraciones y descubrimientos.

La plataforma BioExcel-CV19 -creada por investigadores del IRB Barcelona, liderados por el Dr. Modesto Orozco- es un repositorio de simulaciones de dinámica molecular (MD) diseñado para satisfacer la necesidad urgente de comprender las complejidades moleculares de la infección por SARS-CoV-2. Esta base de datos incluye información fundamental sobre la flexibilidad esencial para comprender las funciones de las proteínas clave del virus, como la proteína Spike, el dominio de unión al receptor (RBD) y la ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp), que proporciona más de 10.000 trayectorias.

«Esta base de datos representa un cambio en las bases de datos de dinámica molecular, construida para manejar sistemas grandes y trayectorias largas, a la vez que se integra perfectamente con simulaciones de MD modernas», explica Orozco, jefe del laboratorio de Modelización Molecular y Bioinformática del IRB Barcelona y profesor de la Universidad de Barcelona. «Aglutina las trayectorias que aportan los diversos grupos de investigación, lo que muestra un enfoque colaborativo que fomenta los descubrimientos científicos», añade.

El artículo, publicado en la revista Nucleic Acids Research, no solo destaca las características de BioExcel-CV19, sino que además subraya la importancia del almacenamiento de simulaciones de MD.  Las simulaciones almacenadas garantizan la reproducibilidad de los resultados y facilitan el análisis a toda la comunidad científica.

“Las plataformas como BioExcel-CV19 deberían convertirse en un estándar similar al que es el Protein Data Bank (PDB) en la biología estructural”, afirma el Dr. Adam Hospital, investigador asociado del IRB Barcelona, ​​que ha liderado este trabajo junto con el Dr. Orozco.

El impacto de BioExcel-CV19 se extiende a diversos ámbitos científicos, entre los que se incluyen la virología, la genómica, la biología estructural y molecular, el diseño de fármacos, la simulación biomolecular y el aprendizaje automático/ profundo. Los datos abiertos proporcionados se convierten en un recurso valioso para la formación de modelos, influyendo en campos que utilizan datos para diversos fines.

En el campo de la simulación biomolecular, BioExcel-CV19 aporta una gran cantidad de datos para refinar algoritmos y campos de fuerza de MD. El potencial de reanálisis y reutilización de datos allana el camino hacia nuevos descubrimientos y metaanálisis, lo que convierte a BioExcel-CV19 en un valioso activo para la comunidad científica.

» Artículo de referencia: Daniel Beltrán, Adam Hospital, Josep Lluís Gelpí, Modesto Orozco, A new paradigm for molecular dynamics databases: the COVID-19 database, the legacy of a titanic community effort, Nucleic Acids Research, Volume 52, Issue D1, 5 January 2024, Pages D393–D403,  DOI: 10.1093/nar/gkad991

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