Proteòmica

La Plataforma de Proteòmica ofereix assessorament i tecnologia per dur a terme estudis que van des de la identificació de proteïnes a petita o gran escala fins a l’anàlisi quantitativa del seu nivell d’expressió, oferint serveis per als sectors de la biomedicina, biologia de sistemes, biotecnologia o de la indústria química farmacèutica, cosmètica o alimentària. Desenvolupa també projectes propis o en col·laboració amb tercers.

Serveis

  • Projectes d’investigació per contracte (CRO)
  • Identificació de proteïnes mitjançant digestió enzimàtica i anàlisi per espectrometria de masses acoblada a la cromatografia de líquids (LC-MS/MS).
    • Identificació a gran escala de proteïnes presents en mostres complexes (extractes cel·lulars, biofluids, teixits).
    • Identificació de proteïnes en mostres senzilles (bandes de gel de poliacrilamida, proteïnes purificades)
    • Caracterització de complexos proteics. Identificació de proteïnes presents en un complex (anàlisi d’immuno-precipitats, IP).
  • Anàlisi de modificacions postraducionals (PTMs) (LC-MS/MS)
    • Fosforilació en proteïnes purificades o en mostres complexes (per a mostres complexes s’utilitza enriquiment amb TiO2).
    • Acetilació, metilació, Gly-Gly en mostres senzilles.
    • Caracterització d’isoformes en mostres senzilles.
  • Quantificació de proteïnes o fosfoproteïnes (LC-MS/MS)
    • Quantificació de proteïnes en mostres complexes mitjançant tècnica sense marcatge (Label free) amb o sense anàlisi estadística.
    • Quantificació de proteïnes en mostres complexes mitjançant tècniques de marcatge isobàrica (iTRAQ o TMT) amb o sense anàlisi estadística.
    • Quantificació de proteïnes en mostres complexes mitjançant tècniques de marcatge isotòpica (SILAC), amb o sense anàlisi estadística.
  • Quantificació dirigida (targeted) (LC-MS/MS)
    • Optimització de mètodes per a quantificar proteïnes, pèptids o metabòlits mitjançant espectrometria de masses dirigida, PRM (parallel reaction monitoring).
    • Quantificació de proteïnes, pèptids metabòlits mitjançant PRM.
  • Seqüenciació “de novo” de pèptids/ proteïnes
    • Identificació de proteïnes no descrites en base de dades mitjançant LC-MS/MS i anàlisi d’homologia
    • Determinació/confirmació de la seqüència peptídica mitjançant MS/MS.
  • Determinació de massa molecular
    • Determinació de massa molecular de proteïnes/pèptids/metabòlits.
  • Anàlisi de distribució de masses moleculars mitjançant HPLC
    • Separació de proteïnes/pèptids per GPC (gel filtration).
  • Electroforesi 1 o 2 dimensions
    • Separació de proteïnes mitjançant electroforesi bidimensional (2-DE).
    • Separació de proteïnes en gels de poliacrilamida (SDS-PAGE).
    • Separació de proteïnes per isoelectroenfoque (tires IPG).

Equips

  • Espectròmetres de masses:
    Orbitrap Velos – ETD (Thermo Scientific), MALDI-TOF/TOF (ABSciex).
  • Cromatògrafs de líquids:
    2D nanoUPLC system nanoAcquity (Waters) amb doble sistema de bombes que permet la cromatografia bidimensional. 2D nanoUPLC system nanoEksigent (Eksigent) amb doble sistema de bombes que permet la cromatografia bidimensional. HPLC Alliance system (Waters) amb detector PDA (190 – 800 nm), injector automàtic i forn amb un rang operatiu de fins a 80 ºC. Software Empower. Ettan LC system (GE) amb detector UV 900, col·lector de fraccions i injector manual I software Unicorn.
  • Sistemes d’electroforesi:
    Iso-Electric Focusing (IEF) – IPGphor system (GE) per a tires de 7 a 21 cm. SDS-PAGE – Ettan Dalt II system (GE) i mini protean system Mighly Small II (Hoefer) per a gels de 20×24 cm i 7x 8 cm. ImageScanner i software QuantityOne (BioRad) per la digitalització dels gels.
  • Software:
    Mascot Server v2.3 (Matrix Science). Proteome Discoverer v1.4 (Thermo). PEAKS STUDIO 6.0 (Bioinformatics Solutions). Progenesis 2.0 (Waters). Skyline (software lliure de MacCoss Lab). MaxQuant i Perseus (software lliure de Jürgen Cox group). Software estadístic R (Software lliure de RStudio Team).

Membre de la xarxa de proteòmica espanyola ProteoRed-ISCIII, que forma part de plataformes de l’Instituto de Salud Carlos III: PRB3- Plataforma en Red de Recursos Biomédicos.

Altres serveis científics:

Toxicologia Experimental i Ecotoxicologia
Estabulari
Comitè Ètic d’Experimentació Animal (CEEA)