Un equip del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), con sede en el Parque Científico de Barcelona, y del Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados, IMEDEA (CSIC-UIB), ha conseguido descifrar las piezas que conforman el código genético del raor. Un proyecto de gran impacto para la biodiversidad del territorio y  la conservación de esta especie marina, que ha contado con la financiación de la Iniciativa Catalana para el Earth Biogenome Project, a través del Instituto de Estudios Catalanes. La investigación, que ha permitido obtener el primer genoma a nivel cromosómico de esta especie, supone un enorme paso adelante para entender el papel de la biología molecular en la conservación de los recursos pesqueros.

El Xyrichtys novacula, llorito o raor, como se conoce más popularmente, es un pez que se ha convertido en todo un icono mediático, sobre todo por la tradición pesquera en las Islas Baleares y su alto valor culinario.

Menos conocidas son sus particularidades comportamentales y genéticas. Al igual que los humanos, los raors incorporan a su comportamiento cronotipos, es decir, preferencias individuales por los horarios en los que realizan sus actividades diarias, hecho que hace que haya raors activos a una hora más temprana que otros.

Se ha observado que tienen ciertos comportamientos sociales, donde los machos más agresivos defienden enérgicamente grandes parcelas de fondo arenoso, que incluyen los territorios más pequeños de las hembras de su harén. Estas peculiaridades comportamentales están codificadas genéticamente tanto en humanos como en el resto de animales.

En una especie explotada por la pesca como el raor, el hecho que determinados comportamientos tengan una base genética, puede resultar en la eliminación de ciertas variantes genéticas en las poblaciones naturales que pueden comprometer su futuro.

Las poblaciones con poca diversidad genética tienen menos resiliencia y es en este punto donde entran en juego los estudios genéticos para garantizar el futuro del raor. Josep Alós, uno de los científicos del IMEDEA que lidera esta investigación, explica: “Conocer mejor qué características comportamentales y genéticas afectan la vulnerabilidad a la pesca, puede ser muy útil para diseñar medidas en el ámbito de la conservación y asegurar el futuro de esta especie. Desgraciadamente el código genético del raor no estaba disponible para evaluarlas”.

Raor. ©Autor Eneko Aspillaga (IMEDEA).

Configurando el puzzle genético del raor

El código genético completo de una especie, o genoma, es el libro de instrucciones que contiene toda la información que, junto con las experiencias vitales y el entorno, determinan cómo es y cómo se comporta cualquier ser vivo, incluyendo nosotros mismos.

Conocer todas las piezas que configuran este puzzle genético es muy complejo. Por ejemplo, han hecho falta casi 20 años para conocer el genoma humano completo. Gracias a los adelantos actuales en técnicas genómicas, han aparecido iniciativas como el Earth Biogenome Project (EBP), que tiene como objetivo obtener la información genética de unos dos millones de especies de plantas, animales, hongos y microorganismos. A partir de este proyecto a nivel mundial, nació la Iniciativa Catalana para el Earth Biogenome Project (CBP), impulsada desde la Societat Catalana de Biologia y la Institució Catalana d’Història Natural con el apoyo del Institut d’Estudis Catalans, y que contribuye al catálogo mundial obteniendo información genética de especies endémicas o de interés local.

Gracias a la financiación proporcionada por la CBP, el IMEDEA y el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) han trabajado conjuntamente para conseguir descifrar el código genético del raor. A través de este estudio, liderado por el Equipo de Ensamblaje y Anotación del Genoma del CNAG y el Laboratorio de Ecología de Peces del IMEDEA, se ha conseguido obtener toda la información genética contenida en los 24 cromosomas que tiene el raor.

De acuerdo con el responsable del equipo del CNAG, Tyler Alioto: “Utilizando una combinación de tecnologías genómicas de última generación, como son las lecturas largas de Oxford Nanopore Technologies, las lecturas cortas de Illumina, Hi-C y la secuenciación ARN, hemos conseguido un ensamblaje de genoma anotado a escala cromosómica para esta especie. Estudios como el actual nos ayudan en CNAG a mejorar los procesos de genómica para continuar ampliando el catálogo disponible de genomas de referencia de alta calidad, como recurso para otros estudios genéticos y aplicaciones en el campo de la biodiversidad”.

» Artículo de referencia: Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Marta Gut, Tyler S Alioto, Joan Pons, Josep Alós, Margarida Barcelo-Serra, Chromosome-level assembly and annotation of the Xyrichtys novacula (Linnaeus, 1758) genome, DNA Research, 2023;, dsad021, DOI: https://doi.org/10.1093/dnares/dsad021

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