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Foto: CNAG-CRG.
 21.05.2020

Un estudio liderado por el CNAG aporta nueva luz sobre la interpretación de datos derivados de células individuales

Investigadores del equipo de Genómica de Células Individuales del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), liderados por Holger Heyn en el PCB, revelan en Genoma Biology hasta qué punto el tiempo transcurrido entre la adquisición de muestras y la criopreservación (tiempo de muestreo) puede afectar los resultados y la interpretación del los datos derivados de células individuales.

 

La genómica de células individuales proporciona la capacidad de comprender toda la variabilidad celular y genética de cualquier sistema biológico a una resolución sin precedentes. Iniciativas internacionales a gran escala como el Human Cell Atlas –que puede concebirse como la tabla periódica de células humanas–r epresentan un esfuerzo titánico que requiere una colaboración masiva en docenas de países y laboratorios. A pesar de esto, las tecnologías en genómica de células individuales son altamente susceptibles a sesgos técnicos e interferencias.

 

Ahora, un estudio reciente publicado en Genome Biology y dirigido por investigadores del equipo de Genómica de Células Individuales del CNAG-CRG, revela hasta qué punto el tiempo transcurrido entre la adquisición de muestras y la criopreservación (tiempo de muestreo) puede afectar los resultados y la interpretación del los datos derivados de células individuales.

La investigación es parte del proyecto BCLLAtlas, financiado a través de una ERC Synergy Grant, que tiene como objetivo generar mapas genéticos, transcripcionales y epigenéticos de centenares de miles de células individuales en diferentes localizaciones, ubicaciones temporales e individuos.

«Un diseño experimental exhaustivo es crucial para el éxito de los estudios de células individuales. Para obtener resultados clínicamente relevantes, los sesgos técnicos tienen que limitarse al mínimo. Los enfoques computacionales sofisticados pueden detectar artefactos, pero lo ideal es evitarlos desde el principio con un muestreo estandarizado y procesos robustos de generación de datos. Nuestro trabajo ayuda a guiar el diseño de entornos experimentales sólidos y proporciona soluciones prácticas para corregir sesgos retrospectivamente», explica Holger Heyn, líder del equipo Single Cell Genomics del CNAG-CRG y autor principal del estudio.

► Artículo de referencia: Massoni-Badosa et al. «Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies«. Genome Biology (2020) 21:112. DOI:10.1186/s13059-020-02032-0

Más información: web del CNAG [+]