{"id":103746,"date":"2025-04-30T12:27:10","date_gmt":"2025-04-30T10:27:10","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pcb.ub.edu\/el-irb-barcelona-coordina-un-estudio-con-mas-de-un-centenar-de-expertos-para-la-creacion-de-una-base-de-datos-fair-de-las-simulaciones-moleculares\/"},"modified":"2025-04-30T17:07:27","modified_gmt":"2025-04-30T15:07:27","slug":"el-irb-barcelona-coordina-un-estudio-con-mas-de-un-centenar-de-expertos-para-la-creacion-de-una-base-de-datos-fair-de-las-simulaciones-moleculares","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pcb.ub.edu\/es\/el-irb-barcelona-coordina-un-estudio-con-mas-de-un-centenar-de-expertos-para-la-creacion-de-una-base-de-datos-fair-de-las-simulaciones-moleculares\/","title":{"rendered":"El IRB Barcelona coordina un estudio con m\u00e1s de un centenar de expertos para la creaci\u00f3n de una base de datos FAIR de las simulaciones moleculares"},"content":{"rendered":"<p><strong>El <a href=\"https:\/\/www.pcb.ub.edu\/es\/empresa\/institut-de-recerca-biomedica-irb-barcelona\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">IRB Barcelona<\/a>, \u200b\u200bcon sede en el Parc Cient\u00edfic de Barcelona, \u200b\u200bha coordinado la publicaci\u00f3n de un estudio con m\u00e1s de un centenar de expertos en simulaci\u00f3n molecular, abogando por un cambio de paradigma en la gesti\u00f3n de datos de din\u00e1micas moleculares. El art\u00edculo, publicado en la revista <em>Nature Methods<\/em>, defiende la implementaci\u00f3n de principios FAIR (\u201cFindable, Accessible, Interoperable, Reusable\u201d) para mejorar la reproducibilidad de los c\u00e1lculos y facilitar su posterior uso como fuente de informaci\u00f3n sobre la flexibilidad de las biomacromol\u00e9culas. El trabajo, liderado por el Dr. Modesto Orozco y el Dr. Adam Hospital propone crear una infraestructura com\u00fan para almacenar y reutilizar datos en el contexto de la revoluci\u00f3n de la IA.<\/strong><\/p>\n<p>A diferencia de la biolog\u00eda estructural o la gen\u00f3mica, donde guardar y compartir datos bajo est\u00e1ndares comunes es pr\u00e1ctica com\u00fan, en el campo de la simulaci\u00f3n molecular estos datos siguen fragmentados y a menudo acaban olvidados en ordenadores personales, lo que dificulta la reproducibilidad de los c\u00e1lculos, e imposibilita su aprovechamiento posterior.<\/p>\n<p>Esto genera un problema formidable para la integraci\u00f3n de estos datos en los flujos de trabajo de la biolog\u00eda estructural y de la biof\u00edsica y frena el desarrollo de m\u00e9todos de inteligencia artificial, cuyo entrenamiento es extremadamente dependiente del acceso de ingentes cantidades de datos din\u00e1micos.<\/p>\n<p>En el art\u00edculo publicado en la revista <em>Nature Methods<\/em>, m\u00e1s de 100 investigadores alertan de esta situaci\u00f3n y reclaman un cambio de modelo: aplicar los principios FAIR \u2014que garantizan que los datos sean localizables, accesibles, interoperables y reutilizables\u2014 a los resultados de simulaciones. El art\u00edculo ha sido firmado por especialistas de referencia internacional, incluyendo a dos premios Nobel y figuras referentes de los mejores centros de investigaci\u00f3n del mundo. El objetivo propuesto es construir un ecosistema abierto y sostenible que multiplique el impacto de estos datos y evite duplicidades innecesarias.<\/p>\n<p><iframe loading=\"lazy\" title=\"Towards a FAIR database for molecular simulations\" width=\"1080\" height=\"810\" src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/K8gAeL9VczY?feature=oembed\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share\" referrerpolicy=\"strict-origin-when-cross-origin\" allowfullscreen><\/iframe><\/p>\n<h3><strong>\u201cReutilizar en lugar de repetir\u201d<\/strong><\/h3>\n<p>\u201cLa comunidad ha asumido durante a\u00f1os que repetir una simulaci\u00f3n era m\u00e1s f\u00e1cil y barato que archivarla. Pero eso ya no es cierto\u201d, afirma el Dr. Modesto Orozco, coordinador del proyecto Europeo <a href=\"https:\/\/mddbr.eu\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">MDDB<\/a>, jefe del laboratorio de <a href=\"https:\/\/www.irbbarcelona.org\/es\/research\/molecular-modelling-and-bioinformatics\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Modelizaci\u00f3n Molecular y Bioinform\u00e1tica<\/a> del IRB Barcelona, Catedr\u00e1tico de la Universidad de Barcelona y fundador de la biotecnol\u00f3gica Nostrum Biodiscovery.<\/p>\n<p>\u201cEl conocimiento que podemos extraer al reutilizar datos es enorme: nos permitir\u00e1 identificar nuevas dianas, entrenar algoritmos de inteligencia artificial o dise\u00f1ar nuevos experimentos\u201d, a\u00f1ade el <strong>Dr. Adam Hospital<\/strong>. Ambos lideran el proyecto europeo MDDB financiado por el programa Horizon Europe de la Comisi\u00f3n Europea, que busca precisamente establecer una base de datos centralizada y accesible para simulaciones moleculares.<\/p>\n<h3><strong>Lecciones de otros campos<\/strong><\/h3>\n<p>La propuesta se inspira en el \u00e9xito de otras \u00e1reas que han apostado por la ciencia abierta. El Protein Data Bank, que desde los a\u00f1os setenta recoge estructuras tridimensionales de biomacromol\u00e9culas y que ha sido fundamental, no solo para desvelar el funcionamiento de prote\u00ednas y \u00e1cidos nucleicos, para permitir la revoluci\u00f3n \u00ab\u00f3mica\u00bb o para ganar una visi\u00f3n hol\u00edstica de la c\u00e9lula, sino que ha sido instrumental en el desarrollo de f\u00e1rmacos, vacunas y nuevas terapias. Los datos almacenados ah\u00ed han sido clave para el entrenamiento de AlphaFold2, reconocido con el Premio Nobel de Qu\u00edmica 2024. Los autores sostienen que complementar esos datos estructurales con informaci\u00f3n din\u00e1mica abrir\u00e1 un nuevo campo, cuya potencialidad de desarrollo es dif\u00edcil sobreestimar.<\/p>\n<p>Seg\u00fan los autores del art\u00edculo, ha llegado el momento de que la comunidad de simulaci\u00f3n molecular adopte pr\u00e1cticas similares a las de las comunidades estructurales y \u00ab\u00f3micas\u00bb, no solo conservando los datos, sino tambi\u00e9n estandarizando los formatos de archivo, los metadatos y los criterios de calidad. El texto describe c\u00f3mo una infraestructura federada, con nodos distribuidos y herramientas de acceso com\u00fan, podr\u00eda hacer viable este archivo de escala planetaria.<\/p>\n<h3><strong>M\u00e1s all\u00e1 del almacenamiento<\/strong><\/h3>\n<p>El enfoque defendido en el art\u00edculo publicado en <em>Nature Methods<\/em> no se limita a guardar datos. Se defiende un modelo integrado: desde la documentaci\u00f3n precisa de las simulaciones (condiciones, software, par\u00e1metros, etc.) hasta su an\u00e1lisis automatizado, validaci\u00f3n y reutilizaci\u00f3n mediante t\u00e9cnicas de aprendizaje autom\u00e1tico. \u201cEl valor de estos datos no termina con la publicaci\u00f3n de un art\u00edculo, o a la presentaci\u00f3n de los mismos en un congreso. A menudo esto es solo el principio\u201d, concluye el <strong>Dr. Orozco<\/strong>. \u201cDebemos tratar los datos como un bien com\u00fan de la ciencia\u201d.<\/p>\n<p><strong>\u00bb Art\u00edculo de referencia:<\/strong> The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations. Rommie E. Amaro, Johan \u00c5qvist, (&#8230;) Adam Hospital, Modesto Orozco et al. Nature Methods (2025) doi: <a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41592-025-02635-0\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">10.1038\/s41592-025-02635-0<\/a><\/p>\n<p><strong>\u00bb Enlace a la noticia:<\/strong> <a href=\"https:\/\/www.irbbarcelona.org\/es\/news\/cientificas\/por-una-base-de-datos-fair-de-simulaciones-moleculares?utm_campaign=orozco-natmethods-apr25&amp;utm_content=en&amp;utm_medium=social&amp;utm_source=linkedin\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">web del IRB Barcelona [+]<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>El IRB Barcelona, \u200b\u200bcon sede en el Parc Cient\u00edfic de Barcelona, \u200b\u200bha coordinado la publicaci\u00f3n de un estudio con m\u00e1s de un centenar de expertos en simulaci\u00f3n molecular, abogando por&#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":103743,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"footnotes":""},"categories":[24],"tags":[259],"class_list":["post-103746","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","category-ciencia","tag-irb-es"],"acf":[],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v27.5 - 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