Proteómica

La Plataforma de Proteómica ofrece asesoramiento y tecnología para llevar a cabo estudios que van desde la identificación de proteínas a pequeña o gran escala hasta el análisis cuantitativo de su nivel de expresión, ofreciendo servicios para los sectores de la biomedicina, biología de sistemas, biotecnología o de la industria químico-farmacéutica, cosmética o alimenticia. Desarrolla también proyectos propios o en colaboración con terceros.

Servicios

  • Proyectos de investigación por contrato (CRO).
  • Identificación de proteínas mediante digestión enzimática y análisis por espectrometría de masas acoplada a la cromatografía de líquidos (LC-MS / MS).
    • Identificación a gran escala de proteínas presentes en muestras complejas (extractos celulares, biofluidos, tejidos).
    • Identificación de proteínas en muestras sencillas (bandas de gel de poliacrilamida, proteínas purificadas).
    • Caracterización de complejos proteicos. Identificación de proteínas presentes en un   complejo (análisis de inmuno-precipitados, IP).
  • Análisis de modificaciones postraducionales (PTMs) (LC-MS / MS).
    • Fosforilación en proteínas purificadas o en muestras complejas (para muestras complejas utiliza enriquecimiento con TiO2).
    • Acetilación, metilación, Gly-Gly en muestras sencillas.
    • Caracterización de isoformas en muestras sencillas.
  • Quantificació de proteïnes o fosfoproteïnes (LC-MS/MS)
    • Cuantificación de proteínas en muestras complejas mediante técnica sin marcaje (Label free) con o sin análisis estadístico.
    • Cuantificación de proteínas en muestras complejas mediante técnicas de marcación isobárica (iTRAQ o TMT) con o sin análisis estadístico.
    • Cuantificación de proteínas en muestras complejas mediante técnicas de marcaje isotópico (SILAC), con o sin análisis estadístico.
  • Cuantificación dirigida (targeted) (LC-MS/MS).
    • Optimización de métodos para cuantificar proteínas, péptidos o metabolitos mediante espectrometría de masas dirigida, PRM (parallel reaction monitoring).
    • Cuantificación de proteínas, péptidos metabolitos mediante PRM.
  • Secuenciación «de novo» de péptidos / proteínas
    • Identificación de proteínas no descritas en base de datos mediante LC-MS/MS y análisis de homología.
    • Determinación/confirmación de la secuencia peptídica mediante MS/MS.
  • Determinación de masa molecular
    • Determinación de masa molecular de proteínas / péptidos / metabolitos.
  • Análisis de distribución de masas moleculares mediante HPLC
    • Separación de proteínas / péptidos por GPC (gel Filtration).
  • Electroforesis 1 o 2 dimensiones.
    • Separación de proteínas mediante electroforesis bidimensional (2-DE).
    • Separación de proteínas en geles de poliacrilamida (SDS-PAGE).
    • Separación de proteínas por isoelectroenfoque (tiras IPG).

Equipos

  • Espectrómetros de masas: Orbitrap Velos – ETD (Thermo Scientific), MALDI-TOF / TOF (ABSciex).
  • Cromatógrafos de líquidos: 2D nanoUPLC system nanoAcquity (Waters) con doble sistema de bombas que permite la cromatografía bidimensional. 2D nanoUPLC system nanoEksigent (Eksigent) con doble sistema de bombas que permite la cromatografía bidimensional. HPLC Alliance system (Waters) con detector PDA (190-800 nm), inyector automático y horno con un rango operativo de hasta 80 ºC. Software Empower. Ettan LC system (GE) con detector UV 900, colector de fracciones y inyector manual Y software Unicorn.
  • Sistemas de electroforesis: Iso-Electric Focusing (IEF) – IPGphor system (GE) para tiras de 7 a 21 cm. SDS-PAGE – Ettan Arriba II system (GE) y mini Protean system Mighly Small II (Hoefer) para geles de 20×24 cm y 7x 8 cm. ImageScanner y software QuantityOne (BioRad) para la digitalización de los hielos.
  • Software: Mascot Server v2.3 (Matrix Science). Proteome Discoverer v1.4 (Thermo). PEAKS STUDIO 6.0 (Bioinformatics Solutions). Progenesis 2.0 (Waters). Skyline (software libre de MacCoss Lab). MaxQuant y Perseus (software libre de Jürgen Cox group). Software estadístico R (Software libre de RStudio Team).

Miembro de la red de proteómica española ProteoRed-ISCIII, que forma parte de plataformas del Instituto de Salud Carlos III: PRB3- Plataforma en Red de Recursos biomédicos.

Otros servicios científicos:

Toxicología Experimental y Ecotoxicología
Animalario
Comité Ético de Experimentación Animal (CEEA)