Skip to main content
< Tornar a notícies
 30.07.2026

El CNAG impulsa ClarID, un nou estàndard d’identificadors llegibles per a metadades biomèdiques

Investigadors del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG), ubicat al Parc Científic de la Universitat de Barcelona (PCB-UB), han desenvolupat ClarID, una especificació d’identificadors dissenyada per facilitar la interpretació dels identificadors de subjectes i mostres biològiques en els fluxos de treball de recerca biomèdica. El treball, publicat a la revista Journal of Biomedical Semantics, proporciona identificadors estructurats i llegibles per a humans que codifiquen metadades seleccionades i que es poden utilitzar conjuntament amb els identificadors existents.

En la recerca biomèdica, un dels reptes pràctics més habituals és vincular els identificadors de subjectes i biomostres amb les metadades associades. Els identificadors de subjectes i biomostres solen estar dissenyats per ser únics més que no pas informatius. Com a conseqüència, els investigadors sovint han de consultar taules externes de metadades per entendre el context d’una mostra, com ara el teixit, l’assaig o la malaltia a què correspon.

Tot i que alguns grans projectes i iniciatives específiques d’un àmbit utilitzen identificadors estructurats, aquests sistemes acostumen a estar adaptats al context original per al qual van ser creats. Per abordar aquesta necessitat pràctica, el Grup de Genòmica Biomèdica del CNAG va desenvolupar ClarID. En lloc de substituir identificadors persistents com ara els UUID, ClarID està pensat per utilitzar-se de manera complementària.

«La motivació per crear ClarID va sorgir d’una necessitat molt pràctica», explica el Dr. Manuel Rueda, investigador del CNAG i primer autor de l’estudi. «Quan treballàvem amb grans cohorts, sovint havíem de consultar taules externes de metadades simplement per entendre a què feia referència un identificador de mostra o de subjecte. ClarID es va dissenyar com una manera senzilla i automatitzable d’afegir informació contextual útil als identificadors, mantenint alhora identificadors persistents com els UUID.»

Dos formats complementaris per adaptar-se a diferents necessitats de la recerca

El primer és un format llegible per a humans, amb camps que varien segons si l’identificador representa un subjecte o una biomostra. En el cas dels biomostres, l’identificador inclou el projecte, l’espècie, l’identificador del subjecte, el teixit, el tipus de mostra, l’assaig, la condició, el punt temporal i la durada, amb camps opcionals per al lot i les rèpliques. Els identificadors de subjecte utilitzen una estructura diferent que inclou l’estudi, l’identificador del subjecte, el tipus de subjecte, la condició, el sexe i el grup d’edat.

El segon format, conegut com a stub, és una representació més compacta pensada per a situacions en què és útil disposar d’identificadors més curts, com ara noms de fitxer, pipelines d’anàlisi, etiquetes o fluxos de treball amb codis QR.

ClarID va acompanyat de ClarID-Tools, una implementació de codi obert en línia d’ordres que permet generar, descodificar i validar identificadors a partir d’arxius tabulars de metadades mitjançant un llibre de codis basat en YAML. El conjunt d’eines també admet la validació d’esquemes i la generació de codis QR, fet que facilita la integració de ClarID en els fluxos de treball de dades de recerca.

Com a demostració, els autors van aplicar ClarID-Tools a metadades públiques del Genomic Data Commons, generant identificadors per a 113.760 registres clínics a nivell de subjecte corresponents a 86 estudis i per a 4.255 registres de biospecímens del projecte TARGET-AML. El codi associat, els exemples i els materials reproduïbles estan disponibles a través del repositori de ClarID-Tools i d’un quadern de Google Colab enllaçat.

En conjunt, ClarID no està pensat per codificar tota la informació de metadades ni per substituir sistemes de gestió d’informació de laboratori, repositoris de metadades o identificadors persistents. En canvi, proporciona un identificador complementari lleuger que pot millorar la llegibilitat, donar suport a la curació de metadades i facilitar la gestió quotidiana de dades en projectes biomèdics i de ciències de la vida.

L’especificació utilitza un llibre de codis configurable, la qual cosa permet als projectes adaptar-la a la seva pròpia terminologia i necessitats.

» Article de referència: Rueda, M., Gut, I.G. ClarID: a human-readable and compact identifier specification for biomedical metadata integration. Journal of Biomedical Semantics 17, 9 (2026). DOI: https://doi.org/10.1186/s13326-026-00349-6

» Enllaç a la notícia: web del CNAG [+]