< Tornar al llistat

Un estudi liderat pel CNAG aporta nova llum sobre la interpretació de dades derivades de cèl·lules individuals

21.05.2020

Investigadors de l'equip de Genòmica de Cèl·lules Individuals del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), liderats per Holger Heyn al PCB, revelen en Genome Biology fins a quin punt el temps transcorregut entre l'adquisició de mostres i la criopreservació (temps de mostreig) pot afectar els resultats i la interpretació del les dades derivats de cèl·lules individuals.

 

Foto: CNAG-CRG.

La genómica de cèl·lules individuals proporciona la capacitat de comprendre tota la variabilitat cel·lular i genètica de qualsevol sistema biològic a una resolució sense precedents. Iniciatives internacionals a gran escala com el Human Cell Atlas –que pot concebre's com la taula periòdica de cèl·lules humanes– representen un esforç titànic que requereix una col·laboració massiva en dotzenes de països i laboratoris. Malgrat això, les tecnologies en genòmica de cèl·lules individuals són altament susceptibles a biaixos tècnics i interferències.

Ara, un estudi recent publicat en Genome Biology i dirigit per investigadors de l'equip de Genòmica de Cèl·lules Individuals del CNAG-CRG, revela fins a quin punt el temps transcorregut entre l'adquisició de mostres i la criopreservació (temps de mostreig) pot afectar els resultats i la interpretació del les dades derivats de cèl·lules individuals.

La recerca és part del projecte BCLLAtlas, finançat a través d'una ERC Synergy Grant, que té com a objectiu generar mapes genètics, transcripcionals i epigenètics de centenars de milers de cèl·lules individuals en diferents localitzacions, ubicacions temporals i individus.

"Un disseny experimental exhaustiu és crucial per a l'èxit dels estudis de cèl·lules individuals. Per a obtenir resultats clínicament rellevants, els biaixos tècnics han de limitar-se al mínim. Els enfocaments computacionals sofisticats poden detectar artefactes, però l'ideal és evitar-los des del principi amb un mostreig estandarditzat i processos robustos de generació de dades. El nostre treball ajuda a guiar el disseny d'entorns experimentals sòlids i proporciona solucions pràctiques per a corregir biaixos retrospectivament ", explica Holger Heyn, líder de l'equip Single Cell Genomics del CNAG-CRG i autor principal de l'estudi.

► Article de referència: Massoni-Badosa et al. "Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies". Genome Biology (2020) 21:112. DOI:10.1186/s13059-020-02032-0

Més informació: web del CNAG [+]