< Tornar al llistat

Gaia, el primer programari 'cloud' intuïtiu que ofereix metagenòmica comparativa humana, animal i vegetal en temps real

03.11.2016

Sequentia Biotech, amb seu al Parc Científic de Barcelona (PCB), ha desenvolupat Gaia un programari cloud capaç de gestionar i analitzar dades metagenòmiques de qualsevol comunitat microbiana (bacteris, virus i eucariotes) generats per les tecnologies de nova seqüenciació (Next Generation Sequencing, NGS) aplicades a la genètica humana, animal i vegetal.  Es tracta de la primera eina bioinformàtica que integra automàticament tots els nivells de la classificació taxonòmica amb la funcional (des del regne fins a la subespècie) en tan sols 12 hores i permet comparar les mostres en temps real. Gaia és una plataforma cloud computing que es distribueix en la modalitat SaaS (‘Programari as a Service’) – basada en la facturació pel consum– i és molt intuïtiva; qualsevol investigador que no sigui expert en bioinformàtica la pot utilitzar.

 

La metagenòmica (genòmica ambiental o genòmica de comunitats) és l'anàlisi del metagenoma: el conjunt de l'ADN dels diversos microorganismes presents en un hàbitat. Es tracta d'un camp nou de la genòmica que busca obtenir i analitzar mitjançant tecnologies NGS seqüències del genoma dels diferents microorganismes que componen una comunitat sense la necessitat d'aïllar-los o fer el cultiu in vitro, la qual cosa permet obtenir informació, no només de l'estructura de la comunitat (diversitat, distribució, etc.), sinó també de la funció dels gens microbians que la componen.

La metagenòmica té un enorme potencial en diferents àrees de les ciències de la vida, naturals i experimentals, però constitueix un gran repte per la bioinformàtica a causa de la ingent quantitat de dades resultant de la barreja de genomes de centenars de microorganismes presents en una mostra, pertanyents a diferents espècies, que interactuen entre si perquè l'ecosistema se sustenti.

Sequentia Biotech ha desenvolupat Gaia, per donar resposta a aquest desafiament de la bioinformàtica. Es tracta d'una eina online capaç d'obtenir una visió completa i detallada del microbioma de diferents ambients procedents del cos humà, (estómac, boca, pell etc.), animals, residus orgànics, agricultura, i medi ambient (terra, aigua, etc.)

“Gaia és una eina bioinformàtica online que proporciona anàlisi de dades metagenòmiques a partir de mostres ambientals, la qual cosa constitueix un gran avantatge, ja que s'estima que amb els mètodes tradicionals –basats en l'aïllament i cultiu de microorganismes in vitro– es “perden” entre 90-99% dels microbis de la mostra”, explica Walter Sanseverino, cofundador i CEO de Sequentia.

A més treballa a nivell de qualsevol organisme (eucariotes, procariotes i virus), enfront de la majoria dels sistemes bioinformàtics actuals que només treballen a nivell de bacteris. Aquesta nova eina bioinformàtica també és la primera que integra automàticament tots els nivells jeràrquics de la classificació taxonòmica (des del regne fins a la subespècie) amb la classificació funcional. A més, és el primer programari online que permet fer una anàlisi comparativa entre mostres en temps real (també conegut com metagenòmica comparativa). Això permet que l'anàlisi sigui molt més ampli, ràpid i eficient.

A més, a causa de la seva interfície gràfica i intuïtiva i senzillesa d'ús, Gaia no requereix formació especialitzada; qualsevol investigador que no sigui expert en bioinformàtica la pot utilitzar i avaluar fàcilment l'anàlisi dels resultats obtinguts.

 “La principal innovació de Gaia radica que la seva funcionalitat i prestacions són iguals o superiors a altres programaris, però la seva facilitat d'ús i rapidesa és molt major. D'altra banda, Gaia és una eina SaaS que no requereix la instal·lació del programari al servidor, al contrari que altres programes que ocupen molt espai i ralentitzen la velocitat de les terminals dels seus usuaris”, declara Riccardo Aiese cofundador i CSO de Sequentia Biotech.
 

Transformar les dades genòmiques en coneixement

Sequentia Biotech fundada per dos joves investigadors, Walter Sanseverino (CEO) i Riccardo Aiese Cigliano (CSO) amb autèntica passió per la genètica i les ciències ‘òmiques’, va donar els seus primers passos al gener de 2013 com a spin-off del Centre de Recerca Agrigenòmica (CRAG), un consorci format pel CSIC, l’IRTA, la UAB i la UB.

L'objectiu de Sequentia Biotech és crear know-how propi amb la finalitat de millorar l'accessibilitat a la informació produïda per les tecnologies de seqüenciació de nova generació (Next Generation Sequencing, NGS) a la comunitat científica, de manera eficient i assequible.

L'empresa té la seva seu al Parc Científic de Barcelona i centra la seva activitat en el disseny i desenvolupament de noves eines bioinformàtiques d'anàlisis i integració de dades genòmics i post-genòmics que acceleren la recerca bàsica i aplicada. Actualment, i només tres anys desprès de la seva constitució, Sequentia ha aconseguit una cartera de clients i socis molt àmplia i diversificada, formada per més de 30 centres de recerca públics, empreses i hospitals; participa en més de 160 projectes d’ R+D públics i privats i compta amb dos bancs de biodades de codi obert.

Els seus confundadores, Walter Sanseverino i Riccardo Aiese, han publicat més de 40 articles científics en revistes d'alt impacte, com ara Nature Genetics, Scientific Report o DNA Research.

Més informació: